Pēc profesionālā spēlētāja karjeras, kas no 1989. gada ilga vairākos Slovēnijas klubos, Stojanovičs 1998. gadā absolvēja Ļubļanas Universitāti, iegūstot sporta skolotāja kvalifikāciju. Tajā pašā gadā Stojanovičs pievērsās futbola trenera karjerai, uzņemoties NK Slovan jauniešu komandu vadīšanu. Zīmīgi, ka šajā pašā klubā viņš iepriekš uzsāka savas gaitas kā spēlētājs.

Karjeras pēdējās spēles kā futbolists Stojanovičs aizvadīja zemāko līgu klubā NK Livar, kur bija arī treneris, bet no 2002. līdz 2008. gadam viņš vadīja NK Domžale komandu, ievedot to Slovēnijas augstākajā līgā un vēlāk arī tiekot pie saviem pirmajiem lielajiem panākumiem. Pēc tam savu līdz šim pēdējo sezonu Slovēnijas čempionātā Stojanovičs pavadīja, vadot NK Celje klubu.

Pirmo pieredzi ārpus Slovēnijas treneris iemantoja laikā no 2009. līdz 2011. gadam, kad viņš bija Srečko Kataneca palīgs Apvienoto Arābu Emirātu valstsvienībā, bet no 2011. gada oktobra līdz 2012. gada decembrim viņš pildīja Slovēnijas valstsvienības galvenā trenera pienākumus.

Pēc vairākiem gadiem darbā ar AAE un Slovēnijas izlasēm Stojanovičs atgriezās klubu futbolā, no 2013. līdz pat 2019. gadam vadot piecas komandas piecās dažādās valstīs – Belgradas Crvena zvezda no Serbijas, Lierse SK no Beļģijas, Changchun Yatai FC no Ķīnas, Riga FC no Latvijas un Sofijas Levski no Bulgārijas. Tagad treneris stājies pie Latvijas nacionālās izlases stūres, parakstot trīs gadu līgumu.

Stojanovičs, kuram ir PRO-UEFA licence, karjeras laikā stažējies un krājis zināšanas tādu klubu kā Amsterdamas Ajax (Nīderlande) un FC Barcelona (Spānija) sistēmās, bet vēlāk vairākos treneru lekciju ciklos Slovēnijā un AAE dalījies jau ar savu pieredzi.